דירות ההכשרה של אקים ירושלים מיועדות לבני נוער וצעירים עם צרכים מיוחדים בגילאי 16 עד 22, החיים עם משפחתם ועומדים לקראת יציאה לחיים עצמאיים בקהילה. מטרתה של דירת ההכשרה היא להכין את אותם צעירים לתפקוד בחיי היום יום בתחומים רבים, כמו: התנהלות נכונה בחברה, אחזקת בית, קניות בסופר, בילויים חברתיים ועוד. אחת לשבוע, בסיום הלימודים בבית הספר, מגיעים משתתפי הפרויקט לדירה, שם הם פוגשים את המדריך, לנים יחד בדירה ולמחרת בבוקר חוזרים לבית הספר. בסיום תקופת ההכשרה האורכת כחצי שנה ובהתאם לשיקולים נוספים, מוכנים הדיירים לעבור לדירות עצמאיות בקהילה עם המשך הליווי המקצועי של צוות אקים ירושלים.